Mammoth e IDbyDNA obtienen fondos de DARPA para el desarrollo de diagnósticos CRISPR
Mammoth Biosciences aplicará su plataforma DETECTR e IDbyDNA su base de datos y algoritmos de patógenos patentados, hacia el desarrollo de tecnologías de biovigilancia y diagnóstico basadas en CRISPR contra diversas amenazas de enfermedades para el Departamento de Defensa de EE. UU. (DoD).
Mammoth e IDbyDNA se encuentran entre los subcontratistas bajo un contrato de diagnóstico CRISPR de cuatro años y hasta $ 36,7 millones firmado por la Agencia de Proyectos de Investigación Avanzada de Defensa (DARPA) del Departamento de Defensa con el contratista principal MRIGlobal.
El contrato permite a DARPA llevar a cabo su programa “Detectarlo con tecnologías de edición de genes” (DIGET). DIGET solicita el desarrollo de un dispositivo de "detección multiplexada masivamente" para 1000 o más objetivos, así como un dispositivo de punto de necesidad portátil y desechable para la detección de al menos 10 objetivos, tanto patógenos como biomarcadores del huésped.
DARPA identificó cinco categorías de enfermedades para las cuales los dispositivos deberían detectar patógenos y biomarcadores: enfermedades respiratorias, enfermedades febriles, enfermedades transmitidas por vectores, enfermedades gastrointestinales y sepsis.
Mammoth, el desarrollador de diagnóstico basado en CRISPR con sede en Brisbane, California, cuyos cofundadores incluyen a la ganadora del premio Nobel y pionera en la edición del genoma, Jennifer Doudna, PhD, actúa como subcontratista principal de MRIGlobal para el dispositivo de punto de necesidad y contribuirá al desarrollo. de la plataforma MMD junto con socios adicionales.
“Una de las cosas interesantes de este proyecto es que uno de los objetivos es realmente llevar las cosas hasta 10 plex, incluso, lo cual es realmente emocionante. Ese es el siguiente nivel de plexing”, dijo a GEN el director ejecutivo y cofundador de Mammoth Biosciences, Trevor Martin, PhD.
Mammoth se asoció con GSK Consumer Healthcare de GlaxoSmithKline para desarrollar un punto de necesidad portátil diseñado para aplicar la plataforma DETECTR dondequiera que estén los pacientes, en comparación con los diagnósticos de punto de atención tradicionales que se utilizan en los centros de atención médica, que requieren un procesamiento centralizado de muestras.
Martin dijo que las compañías aún están trabajando para desarrollar esa prueba portátil, pero no ofrecerán una actualización sobre la colaboración, anunciada en mayo de 2020.
DARPA afirma en su sitio web que ambos dispositivos “deben ser fáciles de operar, de bajo costo y rápidamente reconfigurables para proporcionar información confiable, de alto impacto y de alta calidad que mejore la toma de decisiones”.
“Si tiene éxito, el dispositivo desechable en el punto de necesidad mejorará la velocidad y la eficacia de la clasificación y el tratamiento y mejorará el estándar de atención para los dominios militares y de salud pública en entornos austeros”, agregó DARPA.
Detección temprana de amenazas
El dispositivo MMD aplicará una plataforma diseñada para proporcionar datos procesables para los esfuerzos de biovigilancia, que según DARPA incluyen “caracterización de patógenos conocidos y emergentes en circulación para informar el despliegue de contramedidas. El dispositivo está destinado a permitir la detección temprana de amenazas, evaluar la gravedad de la enfermedad y mejorar la conciencia situacional”.
El contrato de TIGET no fue provocado por el COVID-19, ya que se publicó por primera vez en noviembre de 2019 con una fecha de vencimiento inicial para las propuestas del 25 de febrero de 2020, justo cuando la pandemia comenzaba a causar estragos en el mundo.
“Definitivamente no está necesariamente diseñado solo para COVID-19, pero definitivamente está construyendo un poco del santo grial del diagnóstico molecular, en el sentido de que puede tener algunas pruebas de punto de necesidad que pueden programarse rápidamente para un COVID- 21 o -22, o con suerte ninguno de estos. Y puede tener muy rápidamente diagnósticos muy precisos a escala, de manera descentralizada”.
Mammoth dijo que su cofundadora y CTO, Janice Chen, PhD, liderará el equipo como co-investigadora principal junto con Richard Winegar, PhD, y Julie Lucas, PhD, ambos de MRIGlobal. “La pandemia de COVID-19 ha puesto de manifiesto la falta de diagnósticos rápidos y asequibles y CRISPR está preparado para abordar esa necesidad insatisfecha”, afirmó Chen.
En julio, Mammoth recibió $ 23,1 millones de $ 248,7 millones en contratos para los primeros siete desarrolladores de diagnósticos en el punto de atención y en el laboratorio financiados a través de la iniciativa Rapid Acceleration of Diagnostics (RADx) de los NIH hacia una prueba COVID-19 escalable.
En cuanto al contrato de DARPA, que es independiente del trabajo de Mammoth bajo RADx, Martin dijo que Mammoth se unió al contrato después de leer un correo electrónico de MRIGlobal, una organización de investigación por contrato sin fines de lucro para el gobierno, la industria y la academia que se fundó en 1944.
“Tenemos una gran relación con ellos y tienen décadas y décadas de experiencia trabajando con el gobierno. Eso es algo que definitivamente apreciamos del consorcio, es que aprovechan las enormes fortalezas de todos”.
Base de datos y algoritmos
IDbyDNA dijo que aprovechará su base de datos y algoritmos de patógenos patentados para avanzar en el objetivo de DARPA de proporcionar soluciones de diagnóstico y biovigilancia que detecten amenazas de enfermedades infecciosas, en cualquier momento y en cualquier lugar.
El contrato de DARPA, según IDbyDNA, ampliará las fuentes de datos que su plataforma Explify® puede analizar, incluidas las señales de los ensayos basados en CRISPR, además de sus aplicaciones NGS actuales, para respaldar la preparación general ante amenazas y promover misiones de estabilización.
Explify está diseñado para identificar más de 50.000 microorganismos y más de 6.000 patógenos comunes y raros conocidos. La plataforma utiliza una base de datos patentada de secuencias de referencia de ADN y ARN seleccionadas para identificar más de 35 000 virus, más de 13 000 bacterias, más de 4000 hongos y más de 150 parásitos.
"Ahora más que nunca, el mundo, y en particular, el Departamento de Defensa, necesita soluciones innovadoras que puedan identificar mejor los patógenos y mitigar la propagación de enfermedades y otras amenazas para la salud", Guochun Liao, PhD, fundador, presidente y CEO de IDbyDNA, dijo en un comunicado. “Este programa integrará nuestra tecnología innovadora en un esfuerzo por superar los enfoques actuales para la detección de patógenos y apoyar mejor a los laboratorios de biovigilancia a nivel mundial”.
Liao agregó que IDbyDNA continuará buscando oportunidades para asociarse con entidades gubernamentales "para aprovechar la metagenómica clínica para el avance de mejores soluciones de diagnóstico".
Junto a Mammoth e IDbyDNA en asociación con MRIGlobal están Draper, la Universidad de California, San Francisco (UCSF) y Toolbox Medical Innovations.
UCSF Health Clinical Laboratories recibió una autorización de uso de emergencia de la FDA en julio para el ensayo SARS-CoV-2 RNA DETECTR, que Mammoth co-desarrolló a
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